Se sabe que el jutsu de sellado que Minato uso para sellar el chakra del Kyubii llamando al "dios de la muerte" necesita sacrificar tu vida o dicho de otra manera, sacrificar su propio chakra. Como ha quedado claro en el ultimo capitulo, Naruto tiene una parte del Chakra del Kyubii sellado.
Esto implicaria un intercambio con el "dios de la muerte"... como tambien lo explica el Cuarto Hokage al intentar sellar a Orochimaru.
Que sucederia si Minato sacrifico su vida, para sellar el chakra del Kyubii intercambiandolos, sacrificando su vida, su chakra. Una parte del Chakra del Kyubii queda sellada dentro de Naruto y la otra dentro de su cuerpo, lo cual lo hace que retenga su conciencia.
Ahora Pain, seria Minato poseido por la mitad del Chakra del Kyubii, lo cual concordaria con el significado de su nombre Pain al español, "dolor", dolor profundo que tiene en su alma al no haber perdido del todo su conciencia y saber que se encamina a su destino inevitable.
Razones adicionales:
1) Se le ve un parecido enorme a Minato. La Explicacion del cambio en el color de su cabello es posible al intercambiar el Chakra del Kyubii.
2) Nadie sabe definitivamente de donde proviene, solo hay rumores de su pasado.
Ahora revisando tambien vemos que...
3) Su protector es del pais del agua... de donde es/era su novia/esposa lo cual podria indicar que la chica de Akatsuki, Konan, es la madre de Naruto.
4) La venganza contra Hanzou pudo ser una venganza por evitar su matrimonio con la chica o algo relativo. Esto tambien indicaria que la madre de Naruto pudo haber sido asesinada junto a su familia por Hanzou debido a su relacion con Minato. Hanzou revela al encontrarse con los tres Sannins, que sabia que al final Konoha ganaria la guerra por el espiritu de sus guerreros, y debio molestarse mucho al saber que Uzumaki Kushina tuvo alguna relacion con Minato, el niño genio de Konoha.
Esto explicaria tambien la cruel venganza contra Hanzou, el miedo que tenia Hanzou de esta represalia y que el resto de la gente vea a Pain como un alguien bueno, un dios benefactor.
4) Tiene una relacion cercana con Tobi, ya sea porque el es Madara o un alumno suyo con la capacidad de invocar al Kyubii. Y por tanto, con alguna motivacion extra sobre el Kyubii. (Esto para dar fuerza a los defensores del fanfic que el Kyubii y Madara tienen una alianza)
5) Es el encargado de atrapar a Naruto segun vemos en su conversacion con Tobi.
6) Siente dolor al saber que enfrentara a Naruto (hablariamos de su hijo), porque su conciencia aun vive dentro. Eso se presenta en uno de los capitulos anteriores, Konan dice que cuando Pain siente dolor el cielo llueve, justo despues la conversacion es sobre Naruto entre Pain y Tobi.
7) Muchos de los que disfrutan el dolor y se hacen piercings estilo Pain, lo hacen para disimular un dolor interno superior.
8 ) Es un genio, no ha perdido una sola batalla, invicto como Minato.
Resumen: De algo creo estar seguro, Pain es familiar con Naruto.